Наруто Узумаки был юным задиристым синоби, ходячим магнитом для неприятностей. Он прошёл долгий путь, достигнув того, чего так яростно желал — стал Хокагэ, сильнейшим ниндзя Деревни Листвы, увековечив себя в истории всего мира. Однако эта история не о нём.
С тех пор прошло много времени, и мир сильно изменился. Вместе с миром и спокойствием в Коноху пришли современные технологии — телевидение, небоскрёбы, кондиционеры, поезда и многое другое. Однако синоби никуда не делись, и их жизнь также сильно изменилась. Сын седьмого Хокагэ Деревни Листвы — Боруто поступает в академию ниндзя, чтобы изучить пути синоби. Он унаследовал от своего отца буйный, шальной характер, однако не намерен идти по его стопам. Другие ученики уже готовы заклеймить его «сынком Хокагэ», но мальчик непременно докажет всем, что это не так!
Боруто и его друзьям предстоит расследовать серию загадочных событий, происходящих в деревне. Как ветер, проносящийся между листвы, он прокладывает путь к сердцу каждого человека — его история начинается!