Прошло много лет после событий первого фильма.
«9-й Отдел» по-прежнему выполняет свою работу.
Киборгизированный полицейский Бато с партнером Тогусой после таинственного исчезновения "Майора" Мотоко Кусанаги назначаются расследовать серию убийств, совершенных прототипами гиноидов, самоуничтожающимися после этого.
Но перед самоуничтожением один из таких гиноидов попросил Бато о помощи...