Год 2307. Запасы топлива на Земле полностью истощились. Человечество обратило внимание на ещё один доступный источник энергии — Солнце. В итоге был построен энергетический комплекс по переработке солнечной энергии, связанный с Землёй тремя орбитальными лифтами, каждый из которых находился под контролем одной из лидирующих мировых организаций — Союза (бывших США), Реформационной Лиги (Россия, Китай и Индия) и Нового Европейского Союза (Европа). Однако не все страны в одинаковой мере имеют доступ к новой системе, что и привело к широкомасштабным бунтам и войнам.
На волне конфликта поднимается загадочная независимая военная организация, известная как «Celestial Being», поставившая перед собой задачу положить конец войне, используя мобильные доспехи Гандам. Так начинают свою историю пилоты Гандама — Сэцуна Ф. Сэйэй, Локон Стратос, Аллелуя Хаптизм и Тиерия Эрдэ, — всё больше и больше втягиваясь в конфликт между тремя супердержавами и более мелкими фракциями.