С момента последней крупной схватки с Фестумами минуло 2 года. Жители острова Тацумия постепенно возвращаются к своей прежней размеренной жизни.
Казуки Макабэ, ослепший с тех пор, с каждым днём всё больше теряет веру в обещание, данное ему Соши прямо перед своим исчезновением, что он вернётся, и всё вновь станет по-прежнему. Но всё меняется однажды ночью с появлением неопознанной подводной лодки в бухте острова Тацумия, на борту которой оказывается таинственный юноша по имени Мисао Курусу, утверждающий, что его послал не кто иной, как Соши. С появлением Мисао вражда между Фестумами и человечеством вспыхивает с новой силой. Казуки и остальным пилотам Фафниров приходится вновь схлестнуться со старым врагом, на этот раз, пожалуй, в самой важной битве в их жизни — битве, которой суждено определить будущее людей и Фестумов.